本发明提供了一种双FPGA架构电路板卡程序版本控制方法，程序发送方对程序代码进行加密，得到“程序‑密文”，并远程传递给客户端，使用一个用于对所述程序代码的版本进行验证的验证密文存储在硬件电子钥匙上并转给客户端；客户端主FPGA接收“程序‑密文”并传给副FPGA进行解密，在副FPGA上使用所述硬件电子钥匙对程序版本进行验证；当副FPGA版本验证通过后，将解密后的“程序‑明文”传回给主FPGA进行程序更新。利用双FPGA架构的特点，在副FPGA上对程序代码进行验证，只有验证正确的程序代码才能加载到主FPGA芯片上进行更新，充分发挥了副FPGA管理控制的特点，因此不会因非法程序、病毒程序、错误版本程序的干扰和程序代码的泄露的干扰对主FPGA造成影响。