本发明涉及系统架构设计领域，特别涉及一种Bootloader架构的固件升级方法及其系统。其方法包括以下步骤：S1.启动嵌入式系统，对串口进行初始化操作，运行boot，读取并打印出bootsel的状态，若识别到bootsel=2则进入固件升级模式并执行步骤S2；若识别到bootsel=0则进入默认启动模式并执行步骤S3；S2.对spi，uart等函数进行初始化，通过spi通讯协议与片内flash建立联系，对flash进行擦除、读写操作的操作，通过串口中断函数从串口将固件写入flash，通过重启、切换为主模式完成固件更新；S3.在原有的固件程序中加入ddr初始化，将固件升级程序通过jlink写入ddr，在ddr中运行该程序，通过串口中断将flash中的原有固件进行更新，完成bootloader的固件升级。本发明可扩展性强，在软件更新和功能扩展方面优势明显。