本发明公开一种异构数据库自动映射建表方法及工具，涉及数据库技术领域，包括：确定源数据库字段类型、目标数据库字段类型和JDBC标准类型；配置源数据库类型、目标数据库类型、源数据库类型字段类型映射的标准字段类型、标准字段类型映射的目标数据库字段类型；配置建表语句，将不同类型源数据库和目标数据库的建表语句对应存入源数据库和目标数据库中，随后利用Java工具类Javax.script.ScriptEngine调用js脚本，拼接出sql语句，实现建表。本发明可以进行异构数据库之间的表模型自动映射，将字段映射关系维护在数据库表中，并且把建表脚本通过配置存入数据库中，完全实现了可配置化，大大提高了易用性。