本发明提供了一种螺旋藻养殖系统及富硒螺旋藻养殖方法，属于螺旋藻养殖技术领域，该螺旋藻养殖系统包括养殖池组件、采收组件以及大棚组件。其中，采收组件包括采收管道和开关控制件，采收管道的一端与养殖池本体的出液口连通，开关控制件能够控制采收管道位于出液口一端的开口状态，大棚组件包括棚架、第一门架、第二门架以及棚膜，棚架的底部设置有安装板，第一门架和第二门架均能够设置于安装板，第一门架上设置连通板，连通板上开设连通口，采收管道能够穿过连通口，棚膜能够设置于多个棚架的外部，通过本结构的设置，能使藻液直接通过流通管道采收，并输送到大棚外最终进入收藻车间，极大的提高了收藻效率。