本申请涉及一种基于税控机柜的发票认证抵扣方法和系统。税控机柜部署于组织内网中，用于托管税控设备，税控设备通过通用串行总线接口连接于税控机柜，所述方法包括：接收由部署于公有云中的发票认证抵扣平台发送的业务请求，将与业务请求对应的发票认证抵扣平台交互协议转换为税控设备挂载协议和发票综合管理平台交互协议；根据转换后的业务请求中携带的目标税控设备的设备属性信息，确定目标代理客户端，基于转换后的业务请求，将携带有设备属性信息的挂载请求传输至对应的目标税控机柜，模拟目标税控设备的插入状态，通过目标税控机柜挂载目标税控设备至操作终端。采用本方法能够跨网络环境完成发票认证抵扣操作。