本发明公开了一种肥料用的有益菌组合物及其制备方法，该有益菌组合物包括如下重量份原料：有益菌基材1‑5份、保水改良剂1‑3份、氯化钾8‑15份、硝酸铵10‑15份、硫酸钾5‑8份；该有益菌载体使用一段时间后能够被降解，保证了肥料用的有益菌组合环保性，同时载体上含有大量醇羟基具有很好的保水效果，且保水改良剂表面也含有大量吸水结构与有益菌载体复配使用，能够达到很好的保水效果，在肥料中营养成分溶于水中时，有益菌组合物能够防止水分流失，进而保证营养成分不会随水土流失，提升了肥料的使用效率。