本发明公开了一种低产棉田用复合型生物有机菌肥，按照重量份由以下原料组成：黄腐酸二胺铁10‑20份、螯合铁5‑10份、硝酸铵钙6‑15份、磷酸二氢钙5‑10份、硝酸镁2‑4份、钼酸钠2‑5份、无水硅酸钾2‑4份、木质素磺酸锌2‑4份、干牛粪或干羊粪25‑30份、葡萄糖5‑10份、γ‑聚谷氨酸20‑30份、牛肉膏蛋白胨琼脂培养基15‑20份、哈茨木霉菌20‑25份、根瘤菌10‑20份、γ‑氨基丁酸2‑4份。本发明利用有机物与有机酸络合增溶作用结合有益微生物菌，通过药肥合一，解决了现有技术中存在的化学药剂无法保障农业生态环境安全、棉花黄萎病害及枯萎病害防治和低产棉田增产的问题。本发明还公开了一种低产棉田用复合型生物有机菌肥的制造方法。