一种电网系统线路在线监测方法及监测系统，监测方法步骤如下：在电表端设置信号注入模块，所述信号注入模块用于向输电线路注入携带占空比不等于50％的方波信号的特征电流；在变压器端的三相线上设置信号接收模块，所述信号接收模块用于感应所述输电线路中的电流所产生的磁场并输出；设置与所述信号接收模块连接的信号处理模块，所述信号处理模块用于接收信号接收模块输出的信号，并对接收到的信号进行平均值解调，根据解调结果判断所述输电线路是否正常运行。本发明采用不对称高频脉冲信号作为特征信息，通过不对称高频脉冲信号中的偶次谐波分量将特征电流区别于线路上的其它电流信号，能够有效避免同频信号干扰，更好地实现对线路的实时监控。