本申请提供一种秘密信息隐藏方法、秘密信息提取方法及传输系统，秘密信息隐藏方法包括：基于目标文档文件的版本信息获取目标文档文件对应的目标数据区域，并在该目标数据区域中查找用于隐藏秘密信息的嵌入区域；将秘密信息对应的加密数据添加至嵌入区域，并对目标文档文件进行源文档类型一致性处理。本申请能够在不改变文档大小、文档格式特征且无插件、无附加多媒体内容的基础上实现信息隐藏，实用性强，适用范围广，且能够有效提高秘密信息传输的安全性，大幅度降低因在文件引入附加对象的操作受到第三方攻击者关注及监测的网络攻击风险。