本发明涉及农业植物保护技术领域，尤其涉及一种用于防治菌核病的农药组合物及其应用。本发明提供了一种农药组合物，包括：噻呋酰胺、萎锈灵和公主岭霉素中的至少两种。噻呋酰胺是琥珀酸酯脱氢酶抑制剂，抑制病菌三羧酸循环中琥珀酸去氢酶，导致菌体死亡；萎锈灵属于内吸杂环类杀菌剂，杀菌普较宽，且对作物具有生长刺激作用；公主岭霉素属于生物药剂，也是广谱性杀菌剂，不仅对菌核病有一定抑制作用，还能提高作物的抗逆性。本发明将噻呋酰胺、萎锈灵与公主岭霉素联合应用，试验结果表明：在一定的配比条件下，噻呋酰胺、萎锈灵与公主岭霉素对菌核病的联合作用表现为增效作用，对大豆、向日葵菌核病具有较好的防治效果。