本发明公开了一种养殖工船舷侧鱼苗入舱、成鱼出舱装置及方法，旨在解决在高海况下将鱼苗快速投入养殖水舱，将成鱼出舱并统计相关数量成了急需解决的问题；其技术方案要点是：包括：养殖水舱，所述养殖水舱设置在养殖工船内；连接管道组件，用于连接养殖水舱和养殖工船的舷侧；成鱼起网聚集组件，用于将成鱼提升至养殖水舱上部靠近连接管道组件的位置；鱼苗计数组件，用于统计从船舷侧入舱的鱼苗数量或出舱的成鱼数量。本发明需要鱼苗入舱时，将鱼苗运输船靠于养殖工船舷侧，通过养殖水舱舷侧连接管道将鱼苗输入到养殖水舱中，同时可记录鱼苗入舱的数量，鱼苗养成成鱼时，成鱼起网系统将成鱼聚集于舱室上部，通过管道将成鱼输入至成鱼收集船。