本发明提供一种利用内窥镜快速鉴定中华鲟性别的方法。该方法不同于以往报道用光学内窥镜检查性别的方法以及医用腹腔内窥镜或肠胃镜检查鲟鱼的方法。针对中华鲟体型大，体壁厚的特点，通过改装耳咽鼻喉电子内窥镜，连接手提电脑，采用腹部手术开口观察的方法，可以简便、快捷、直观、准确的对II期及以上时期中华鲟性别进行鉴定以及对雌性性腺发育进程进行跟踪观察。解决了长期以来利用B超和其它鉴定手段对II期早期性别鉴定的技术难题。该方法鉴定费用较低，操作简便，容易实现。该发明不仅对于中华鲟性别鉴定和亲鱼筛查具有极高的应用价值，而且对于其它鲟鱼类性别鉴定和亲鱼筛查也有很高的推广价值。