本发明公开了一种含重金属雨水的磁分离方法及分离系统，所述分离方法包括步骤：将碱液加入到含重金属的雨水中反应，得到第一反应液；向所述第一反应液中分别加入聚合硫酸铁和磁种反应，得到第二反应液；向所述第二反应液中分别加入硫酸铝、聚丙酰胺反应，得到第三反应液；对所述第三反应液进行固液分离，得到含磁污泥和重金属含量达标的雨水。通过使用碱液使雨水中的重金属发生沉降，降低雨水硬度，加入聚合硫酸铁和磁种使沉淀具有磁性同时使雨水中的砷发生沉淀，再加入硫酸铝及聚丙酰胺使雨水中的悬浮物发生沉淀，利用磁分离技术实现固液分离，从而达到净化雨水的目的。本方法操作简单，工艺流程时间短，分离效率高。