本发明涉及测试车载安全通讯技术领域，特别涉及一种智能车钥匙安全加密通讯方法及系统，该方法包括S1，车辆在非对称加密环境下的私钥存储于自身的可信执行环境下，公钥存储于CA证书中；S2，用户生成非对称加密的密钥对时，公钥存储于CA证书，私钥存储于移动终端的可信执行环境下；S3，移动终端与车辆进行通讯时，优先交换各自的所述CA证书，并在验证通过后协商生成本次通讯的会话密钥，并通过所述会话密钥进行加密通讯。本发明的提出解决了现有的移动终端使用的硬件和操作系统都不相同，且没有统一的标准，同时安装的多种应用程序或恶意应用或病毒等导致安全环境很复杂，导致智能车钥匙容易被攻击与破解的问题。