本发明所公开主题涉及一种用于处理各种植物材料以生产市场材料的工业系统。具体地，该系统结合了亚临界水提取技术，并包括恒定控制温度，压力和/或停留时间的预处理模块和二级处理模块（处理模块）。在一些实施例中，所公开系统的最终产物可包括用于生物燃料生产（糖和/或油）的原料成分，生物炭和各种工业原料（例如用于制造纸产品和/或用于食品或工业产品的纤维素的纸浆）。所公开系统可以是模块化的或非模块化的，并且可以包括带自动编程或手动操作的预制元件，使得其能够容易地在现场移动和/或组装。