本发明公开了一种微流控芯片以及基因测序系统，微流控芯片包括：芯片主体，芯片主体的内部设有第一试剂入液流道、第二试剂入液流道、样品入液流道、混合流道、测试流道以及主出液流道，第一试剂入液流道的进口、第二试剂入液流道的进口、样品入液流道的进口以及主出液流道的出口均贯穿芯片主体，第一试剂入液流道的出口与混合流道的第一进口连通，测试流道的进口与混合流道的出口连通，测试流道的出口与主出液流道的进口连通；以及阀门组件，阀门组件包括第一阀门以及第二阀门，第一阀门用于控制第二试剂入液流道的出口与混合流道的第二进口之间的通断，第二阀门用于控制样品入液流道的出口与混合流道的第三进口之间的通断。