本发明公开的试管清洁控制系统，包括主控器，主控器的输入端电连接有水质监测模块和温湿度监测模块，主控器的输出端电连接有清洗模块、风干模块和杀菌模块；清洗模块包括均与主控器连接的电磁液阀、水泵和电机，风干模块包括均与主控器连接的电热机和电磁气阀，杀菌模块包括与主控器连接的紫外线灯。本发明还公开了上述试管清洁控制系统的控制方法。本发明的试管清洁控制系统及控制方法，集试管清洗、风干、杀菌三大功能于一体，每一部分独立运行，避免相互干扰；但又通过主控器集中控制，便于集中调配，优化流程。本发明清洗效率高，相对现有操作更为便捷，更为安全，使得现有试管清洗技术大幅度提升。