本发明涉及水性涂料技术领域，具体涉及一种功能型水性防闪锈剂及其制备方法。包括以下步骤：步骤一：在溶剂和催化剂存在的条件下，二元环氧化合物与聚氧乙烯醚磷酸酯反应制得中间体1；步骤二：加入过量醇胺化合物反应制得主体活性化合物2；步骤三：蒸馏出有机溶剂，降温，按设计固含量加入去离子水和含氮的杂环有机化合物，过滤后制得所述的功能型水性防闪锈剂成品。步骤一和步骤二之间还可以加入二元羧酸化合物扩链的步骤。本发明的功能型水性防闪锈剂可以多因素综合提升防闪锈和腐蚀抑制能力，可应用于各种碳钢、铸铁、铜、铝等金属表面。