本发明公开了一种燃料电池系统的水路设计及其换热方法，包括燃料电池系统，其特征在于：所述燃料电池系统启动后，冷却液经过节温器走向大小循环，小循环包含加热棒，大循环包括换热装置和散热装置；第一，在燃料电池启动初期，冷却液只走小循环；第二，可以将燃料电池反应产生的余热通过换热装置提供给储氢装置；第三，当燃料电池发热功率大于换热功率后，可以通过散热装置继续散热，为减少常规氢气罐的配置，以期固态金属储氢装置内自有的气态氢气可以满足燃料电池早期氢气消耗，因此要尽可能的缩短开机到储氢装置开始升温的时间。