本发明公开了一种长江口底沙输沙率量测系统及观测方法,系统包括集沙桶，用于埋入观测点位置收集底沙；重量测量仪，用于获取集沙桶内的底沙重量；动平衡模块，用于使集沙桶保持设置的状态；压力仪，用于获取集沙桶内水体压力；防水采集模块，用于采集重量测量仪、动平衡模块以及压力仪的数据；无线传输模块，将测量数据发送给上位机；供电模块，给部件提供电能；高压防水盒，保护各涉电部件不被水体压力损坏和侵湿。本发明使用集沙桶和沙被裙边组合，结合重量测量仪、动平衡模块、数据采集仪、无线传输模块、供电模块，解决了传统输沙量测量系统测量精度差、受地形影响大、无法实时观测输沙量的问题，更好的应用于水文测验相关科研项目。