本发明公开了一种处理含铜钴镍废催化剂的方法及其匀化装置，涉及废催化剂处理技术领域，其包括以下步骤：步骤一，获得适宜在废催化剂环境下生长繁殖的菌株，分别使用磨细后的废催化剂驯化自养的硫化菌和铁氧化菌，以及异养的霉菌；步骤二，制备反应罐，罐内有骨架，在骨架上放置多个托盘，托盘底部开设有透水孔，在透水孔上铺设无纺布，在无纺布上铺设气管，每隔一段距离在气管上开孔。本发明利用生物方法处理含铜、含镍、含钴废催化剂，通过细菌分解废催化剂，使用树脂吸附、沉淀、萃取等方法对其内部的有价金属进行回收，整体可达到成本低、投资少、操作简单、能耗低、有价金属回收能力强，无毒副产物产生等优点。