本发明公开了一种改性透水珊瑚砂及其制备方法和应用，改性透水珊瑚砂包括珊瑚砂基底以及负载于珊瑚砂基底上的净水复合物；净水复合物包括颗粒络合剂、消毒剂、螯合剂和聚乙二醇；颗粒络合剂包括甜菜碱型表面活性剂、海藻酸钠和碳酸钠。本发明在珊瑚砂上负载净水化合物，结合珊瑚砂自身良好的透水性能，雨水在珊瑚砂中渗透时，可以对雨水中的有害物质进行持续吸附，最终进入地下的雨水水质优良，可以作为储备水源供人们使用。