本发明提供了一种富含有机酸的银杏叶提取物的制备方法。包括：取银杏叶粉碎，加入乙醇水溶液提取；浓缩提取液并回收乙醇，加水稀释，冷却离心，得上柱液；上柱液加在阳离子交换树脂上，水洗，合并收集上柱流出液和水洗液得合并液1；将合并液1加在大孔吸附树脂上，依次用水及不同浓度乙醇洗脱，合并收集上柱流出液与水洗液得合并液2，收集相应的乙醇洗脱液；将合并液2加在阴离子交换树脂上，水洗后，用酸水溶液交换，收集相应的交换液；向乙醇洗脱液中加入一定量的交换液得合并液3，合并液3脱除银杏酸，真空干燥，即得，其有机酸总含量≥17％。本发明方法操作简单，产品中各活性成分全面、比例均衡，收率高，适用于工业化生产。