本发明提供的对比实验用小动物饲养装置，包括箱体和箱盖，箱体内至少分隔为上下层叠设置的饲养室和采样室；饲养室内至少设有两个并排设置的饲养盒，采样室内设有与饲养盒位置对应的转笼，以用于承载小动物。通过在同一饲养空间内设置多个饲养盒，实现了在相同实验环境下，对各实验单元的单独饲养和比较观察；通过可转动的转笼承托小动物，通过转笼内部设置的缓存仓作为小动物排泄物和/或食物残渣的临时存储空间，待转笼旋转一定角度后，即将其卸入接料板以排出，实现了小动物生活环境的自清理；通过外部环境刺激等手段促使小动物单独大便或小便，并通过干净的缓存仓承接，之后使转笼反转以将大便及小便分别卸入不同采样盒，避免了样本干扰。