本发明公开了一种液压拖网绞车波浪补偿系统，包括：动力泵组，动力泵组与第一先导比例溢流阀并联连接；液压马达，液压马达经电磁换向阀与动力泵组相连接，其中，液压马达的两侧分别具有油腔A口和油腔B口；动力泵组的高压油液进入液压马达的油腔A口，能够驱动拖网绞车正转起网；动力泵组的高压油液进入液压马达的油腔B口，能够驱动拖网绞车反转放网；第一直动式溢流阀和第二直动式溢流阀，第一直动式溢流阀和第二直动式溢流阀均并联连接在液压马达的油腔A口和油腔B口之间。本发明解决了拖曳过程中，由于波浪引起的船体升沉运动或渔船转向引起的曳纲张力的波动问题，提高了拖网绞车的性能和寿命，同时也提高了捕鱼效率。