本发明提供了一种同时测定人他克莫司作用靶点——MAPK信号通路的基因多态性的方法，具体包括如下步骤：提取外周血细胞样本的基因组DNA，针对目的基因的突变位点设计筛选引物；并根据不同的位点，组合成不同的PCR反应体系进行PCR反应；扩增的PCR产物经SAP处理后，进行单碱基延伸反应；纯化单碱基延伸反应产物，进行芯片点样后，用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱进行检测；使用软件分析检测结果，获得分型数据。该方法能高效、灵敏、准确地同时检测他克莫司作用靶点MAPK信号通路中的多个蛋白编码基因中的多个SNP位点的基因型，为解释临床他克莫司药效的个体差异提供重要依据，指导他克莫司的临床个体化给药。