本发明提供了一种基于低轨卫星轨道衰减的大气密度自主估算方法及系统，包括：步骤S1：获取有效的卫星飞行轨道圈计数；步骤S2：基于有效的卫星飞行轨道圈计数计算递推误差；步骤S3：计算每圈轨道高度衰减量；步骤S4：根据计算得到的卫星质量，当递推误差与每圈轨道高度衰减量相等时，对面质比偏差进行修正得到面质比修正系数，取均值获取最终修正系数均值；步骤S5：基于最终修正系数均值计算大气密度修正系数，当数据标识有效时，根据轨道圈计数增加，更新迭代每圈大气密度修正系数，得到气密度修正系数序列。