本发明提供了一种轴向磁通电机控制器的散热密封结构，包括一罩壳，所述罩壳包括一承载板和一覆盖，以及所述承载板和所述覆盖之间界定的一容置腔，所述承载板以背离所述容置腔的方式外置水道；一水道盖板，所述水道盖板外置且连接于所述承载板上，以封闭所述水道。所述承载板用于承载IGBT模块和薄膜电容等元件，以使其产生的热量直接通过所述承载板进行传递，并通过所述承载板外置的水道进行直接散热，不仅提升散热性能，还有效防止所述水道内的冷却介质直接与元件接触，进而造成冷却介质泄漏，以及元件短路等现象，有效提升密封防水性能，并且合理利用空间布局，使得整体结构更加紧凑，实现轻量化、小体积等优势，减小占用安装空间的需求。