本发明涉及一种碳排放监测系统，包括多个监测站点，监测站点包括底座、气体采集机构和气体检测机构，所述底座上设有竖向转轴，转轴上设有横向的通风筒，通风筒内设有轴流风机，通风筒的一端连接有可伸缩的波纹管，波纹管的远端封闭；所述气体采集机构包括气体采集管，气体采集管连接有气体净化器和气泵，气体采集管设有多个气体采集口，每个气体采集口设有单独的阀门，至少一个气体采集口位于波纹管的远端，至少一个气体采集口位于波纹管的近端或底座上。本发明的碳排放监测系统可以有效识别出区域内的主要碳排放源和隐藏碳排放源。