本发明提供了一种基于深度学习的溃疡性结肠炎免疫分型的分类方法和系统，包括：获取溃疡性结肠炎数据集，分为训练集和验证集；在训练集中进行单样本富集分析，评估样本免疫细胞浸润丰度；通过聚类算法进行免疫特征分型，比较两亚型的生物制剂治疗反应率，通过差异分析，得到每个亚型的特征基因；在验证集中利用最近模板预测算法验证免疫分型，比较两亚型的生物制剂治疗反应率；利用随机森林筛选得到符合预设条件的关键基因，构建神经网络模型；将待分类的溃疡性结肠炎数据输入所述神经网络模型，鉴别待分类的溃疡性结肠炎数据的亚型种类。本发明能够鉴别出具有稳定免疫特征的亚型，以改进溃疡性结肠炎临床用药选择。