本发明公开一种功能性肽的筛选方法，该法低成本、高效环保，具体为：调用与所需筛选的功能性肽的功能类型相关的调控网络；找出与功能类型相关的第一基因靶点集合；对已测序的各个肽段进行功能靶点预测，筛选得到与功能类型相关的第二基因靶点集合；将第二基因靶点集合与第一基因靶点集合进行关联处理得到功能靶点；根据功能靶点，构建蛋白互作网络，进行节点图可视化分析，获得基因互作网络图，识别得到核心模块和关键基因；利用R语言计算蛋白、基因的节点边数，归一化处理后获得功能靶点中各个靶点的第一得分；单个肽段的各个靶点的第一得分分别乘以对应的相似系数后求和，即为该单个肽的功能得分；选取排名前20的且疏水性0～3的肽段作为候选肽。