本发明公开了一种水质分析仪和分析方法，所述水质分析仪包括：多个治具，分别设置多个不同尺寸的安装位，用于承载不同尺寸的样品容器；白光光源和荧光光源，为所述样品容器内的样品提供白光和荧光；多个成像模块，获取所述多个治具上的样品容器中的样品图像；控制模块，连接所述白光光源、荧光光源和多个成像模块，控制所述白光光源和/或荧光光源打开或关闭，控制多个所述成像模块对样品成像。本发明能够根据检测需求快速方便地切换多种样品器皿，能够根据检测需求快速方便地切换多种样品容器，具有荧光光源和白光光源，能够根据需要选择不同的光源以检测分析水质的不同指标，可以适用90培养皿、50器皿、计数盘、51孔盘、97孔盘，方便快捷，通用性强。