本发明提供了一种自动生成供水系统压力流量监测阈值的方法和系统，针对每个传感器选取最近的一段时间的历史数据进行统计分析；对数据进行剔除异常值处理；对经过S2处理后的数据进行周期性检验，区分周期性；选取强周期性的传感器，对每个时刻的数据进行校验，直到满足阈值生成条件；用统计学3σ法则对数据进行统计分析，并对阈值进行优化；对于其他周期性的传感器，生成恒定的阈值；以天为周期对最新历史数据重复上述内容，生成最新阈值。本发明所述的生成阈值的方法，充分考虑异常数据带来的扰动，用三种剔除方法对输入数据进行过滤，并且对每个时刻的数据进行平滑处理，同时为了保证输入数据的可靠性，对每时刻的数据数量进行检验和补充。