本发明公开了一种DcBGLU2L石斛多糖含量分子标记及其开发方法与应用。采用兰花组织培养中常用的两种植物激素NAA和6‑BA处理铁皮石斛幼苗，对铁皮石斛幼苗中的主要药用化合物进行了比较分析，并对相应样品进行转录组测序分析差异表达基因，明确了不同处理条件下化合物积累和差异基因表达模式的对应关系。其中，DcBGLU2L基因表达与多糖含量密切相关，其表达水平可以指示多糖积累水平，因此可以作为指示多糖含量的分子标记；可以应用在生产实践中，对不同激素处理、不同浓度、不同处理时间、不同生长时期受体材料中的多糖含量进行监测；也为人工控制石斛活性成分的生产铺平了道路。