本发明公开了一种农产品质量安全检测系统，涉及农产品安全检测技术领域，通过设置光发射单元对待检测的农产品进行光谱检测，从而通过所获得的待检测的农产品的光谱信号，对待检测的农产品进行三维建模，再通过将农作物的表面划分为若干个区域，从而能够对每个区域内进行数据分析，获得多组数据分析结果，同时在区域内通过固定方式，从而能够获得一个随机位置和方向的中垂线，再对中垂线上的荧光信号的信号强度进行获取，从而能够使得被分析的数据更加具有随机性和偶然性，提高数据分析结果的可靠程度；通过设置倍频单元，从而能够使得在对农产品进行检测的过程中，通过倍频单元能够获得多种波长的检测激光。