本发明公开了一种沼液灌溉施肥系统及其应用，涉及沼液灌溉技术领域。包括灌溉主管道，所述灌溉主管道沿灌溉水流动方向依次设置有灌溉水电导率采集模块、第二流量计和水肥混合液电导率检验模块，且灌溉主管道上还连通有沼液输送管道，所述沼液输送管道位于第二流量计和水肥混合液电导率检验模块之间，所述沼液输送管道的末端连通有沼液池。本发明不但解决了沼液水肥配比难、施入低效的问题，同时，施加量和施加时间也被定量确定，弥补了当前沼液灌溉系统缺少具有普适性的清水沼液配比实施系统的空白，此外还能够同时实现各个电导率传感器工作状态的检验和延长电导率传感器的工作寿命，对沼液高效还田和大面积推广具有重要意义。