本发明公开了一种一体式水下承台柔性止水结构及其施工方法，止水结构包括桩基护筒和预制承台套箱，预制承台套箱套设在桩基护筒上，其底板顶部通过预埋件焊接有剪力键，其底板底部预埋有胶囊托盘，胶囊托盘呈环形并环绕桩基护筒设置，其顶端埋设在预制承台套箱底板内，其底端延伸至预制承台套箱下方并形成一环形凹槽，环形凹槽内设置有止水胶囊，止水胶囊呈圆环状，其囊体外侧设置有充注嘴，且其囊体内部充注有带压气体或带压液体，囊体的内外环面分别贴紧桩基护筒外壁和胶囊托盘内壁，并形成一道竖向止水密封带。本发明结构简单，安装方便，通过胶囊托盘的设置，避免了止水胶囊与混凝土表面的直接接触，有效确保了水下承台的无水施工作业环境。