本发明公开一种变步长LMS自适应滤波器的磁轴承转子振动补偿方法，对六极径向混合磁轴承转子的不平衡作补偿，将当前n时刻的位移差值与对应的n‑1时刻的补偿信号值分别作差，得到n时刻X、Y方向误差瞬时值，采用类箕舌线函数模型计算出步长因子，基于步长因子自适应调整权值系数，计算出X、Y方向当前n时刻的补偿信号值，当误差瞬时值大于或等于误差阈值时，将位移差值与当前n时刻补偿信号值作差，获得转子振动补偿差值；本发明采用变步长LMS算法，在算法收敛初期提供较长的步长，确保算法有较快的收敛速度，在算法收敛完成阶段，提供较短的步长，使算法在稳态阶段保持较好的稳定性，保证控制精度的同时，使算法收敛速度快且稳态失调低。