本发明属于制革材料技术领域，公开了一种原位染色型生物基鞣剂及其制备方法和应用。本发明的原位染色型生物基鞣剂原料包含生物质原料100份，活化剂100~240份，助发色剂0~50份。本发明提供的原位染色型生物基鞣剂的分子结构上含有丰富的活性基团，将其用于皮革鞣制时，可与胶原纤维上的氨基发生交联反应，形成多点共价交联结构，因而可以表现出优良的鞣制性能。该鞣剂发生鞣制作用的同时，会在鞣剂分子和胶原纤维间原位形成共轭席夫碱结构，并借助共轭结构本身以及取代基的助发色作用，赋予鞣制革坯特定的颜色，从而实现皮革的原位染色。