本发明公开了一种化石标本数据库系统，包括：数据采集模块、形状存储模块、需求接收模块以及化石观看模块。其中，数据采集模块用于采集化石具有遗迹面的表面三维形状；形状存储模块将所述表面三维形状转化为点云数据进行存储，并对应存储该化石的基本信息；需求接收模块用于接收用户所选择的化石的基本信息；化石观看模块用于根据所述需求接收模块所接收的化石的基本信息在所述形状存储模块中调取所述化石的点云数据，并将得到的点云数据显示给用户。本发明通过采集化石标本具有遗迹面的表面形状，并将该形状进行存储，使得每一个化石标本与一个图片相对应，从而提供一个数据库，实现化石标本爱好者的随时观摩。