本发明公开了一种资源型源分离模块化厕所系统及其处理粪污方法，所述的厕所系统包括采用榫卯结构组装并依次相连的粪尿源分离单元、尿液处理和循环利用单元、粪便好氧腐殖资源化单元及可持续能源利用单元。其中，粪尿源分离单元包括尿液收集区和粪便收集区，尿液处理和循环单元包括澄清模块、多效资源化模块、沉淀、污泥回流模块、除盐模块及储水回用模块。本发明各个处理单元模块化设置并配合榫卯结构进行连接；厕所粪尿采用源分离技术，将尿液和粪便进行源头分离并分别处理，减少粪污对环境的污染，提高资源利用效率。