本发明公开了一种清洁型抗冻微水冲厕所系统及其处理粪污的方法，清洁型抗冻微水冲厕所系统包括厕房单元，厕房单元依次连接有设在地下的粪污分离单元、基于无氧生化降解工艺的污水预处理单元、基于多反应区曝气和生物膜组合工艺的污水主体处理单元、絮凝沉淀单元和气水混合冲厕单元，其中厕房单元和絮凝沉淀单元分别与气水混合冲厕单元连接，粪污分离单元、基于多反应区曝气和生物膜组合工艺的污水主体处理单元和絮凝沉淀单元分别与粪便发酵单元相连。本发明针对北方寒冷地区的厕所系统易冻、粪污资源化程度低、粪便易发酵发臭的问题，实现粪污分离和冲厕水循环以及设施防冻和除臭。