本发明公开了一种中草药种植用种子筛选装置及其方法，属于中草药种植技术领域，为了解决种子筛选效率低且使用不便的问题，包括筛选箱体，筛选箱体的上端设置有筛选仓，筛选仓通过牵引传动机构在筛选箱体内往复移动，牵引传动机构安装在筛选箱体上，牵引传动机构与清堵疏通机构联动，且清堵疏通机构用于清堵疏通筛选仓。本发明的中草药种植用种子筛选装置及其方法，减轻了操作人员的工作负担，且使种子筛选效率高，可实现自动卸料，使卸料便利，使用方便，通过疏通插针插入筛选滤板的滤孔内来实现筛选滤板的清堵疏通，可有效避免筛选滤板堵塞，充分保障筛选滤板的正常使用，提高种子筛选效率，使筛选滤板清堵便利，使用方便。