本发明公开了应用于数字孪生城市的空间数据图层字段检查方法及系统，属于数字孪生数据处理技术领域，要解决的技术问题为如何对数字孪生城市的空间数据进行自动检查处理。包括如下步骤：设置配置文件，包括检查表格，用于填写待检查的字段信息；按照分类，分别设置空间数据的数据源，并获取各类空间数据；以配置文件中记录的字段为目标字段，以空间数据待检查的字段为源字段，基于ArcGIS、通过配置文件设置的检查项对各类空间数据进行批量检查处理，如果目标字段与源字段不匹配，对字段进行记录，并对图层进行标识，存入创建的错误标识文件中，以便于对注记核验出错误的图层要素进行选定并修正，并对验证无误的空间数据进行属性赋值。