本发明公开了一种提高频谱数据传输的同步性方法及系统，其中，所述方法包括：对传输数据进行传送帧标记，标记包括前端标记、终端标记；获得传输分配模块信息；通过对传输分配模块信息进行传送帧采集，基于所述前端标记、所述终端标记，获得标记采集数据，所述标记采集数据包括标记采集时间信息；基于所述标记采集时间信息、所述第一时间信息、所述第二时间信息对所述标记采集数据进行同步性分析，获得同步性分析结果；根据所述同步性分析结果对接收频谱数据进行接收。解决了数据传输效率与数据同步性无法协调优化的技术问题，智能匹配数据传输规则，结合数据成帧技术对数据进行分帧并标记，达到提高频谱数据传输的同步性的技术效果。