本发明一种流域控制单元污染物输入与水质关系试验方法，属于环境试验技术领域，主要包括：获取水质信息，设置连通池，设定采样时间和污染物分析。本发明的有益效果在于：提出了一种控制单元划分时，区域边界和控制断面边界不能同时隔离情况下，测算交叉区水质变化的方法；提出一种使用连通储水池装置进行水质按时序采样的方法；提出一种连通储水池装置；本发明提出的方法是解决了采用储水池测量水质的时滞问题；可以用来评估复杂汇入支流是否被污染。