本发明提供一种费托合成油用加氢催化剂及其制备方法和应用，制备方法包括以下步骤：在载体上负载活性金属组分，得到改性载体；使改性载体在含有铜源、铜源稳定剂的第二浸渍液中进行第二浸渍，得到第二浸渍产物；将得到的第二浸渍产物进行第二干燥处理后，得到费托合成油用加氢催化剂；其中铜源稳定剂包括三聚磷酸、六偏磷酸、焦磷酸、氨基三亚甲基磷酸、1‑羟乙叉‑1，1‑二膦酸、乙二胺四甲叉膦酸、氨基三甲叉磷酸中的至少一种。通过上述制备方法制得的催化剂具有较高的活性、稳定性，该加氢催化剂尤其可用于费托合成油的加氢处理。