本发明提供了一种工厂化生态养殖循环水循环净化回收系统及工艺，生态养殖桶与元素平衡桶连通，元素平衡桶与纳米微滤机连通，纳米微滤机与四级生物流化床净化脱气杀毒组件连通，四级生物流化床净化脱气杀毒组件与微生物培育池连通，微生物培育池与养殖桶连通，四级生物流化床净化脱气杀毒组件的排污端与生物干湿分离机构的入口连通，生物干湿分离机构的排污端与生物肥料池的入口连通，生物干湿分离机构与微生物培育池连通；可使养殖桶内鱼虾排泄物、饲料残渣等养殖尾水中的固体杂质过滤分离，通过多重过滤、净化、杀菌得到净水和生物肥料，净水能够再次作为养殖用水，生物肥料可以用于农田施肥，使得废水能够得到充分的利用。