本发明公开了一种超支化聚季铵盐氨基酸插层抑制剂的合成及水基钻井液。该超支化聚季铵盐氨基酸插层抑制剂由超支化聚季铵盐氨基酸与水混合配制而成，其中超支化聚季铵盐氨基酸在钻井液中的质量比为0.5％‑5％。所述超支化聚季铵盐氨基酸合成原料为含有多个氨基的羧酸类物质和巴豆酸烯酯类物质，封端试剂为烯丙基三甲基铵、烯丙基三乙基铵中的一种。所述钻井液包含有本发明的超支化聚季铵盐氨基酸。所述钻井液能够有效的抑制页岩水化膨胀。本发明提供的超支化聚季铵盐氨基酸制成的页岩插层抑制剂无毒无害，更易于与带负电的黏土层结合且其抑制性能相比于同类插层抑制剂性能有明显提升。