本发明提供一种基于密文特征的通用密码算法识别方法。该方法包括：检测机构R生成待检测信息数据集并发送至检测机构服务器S；检测机构服务器S根据所述待检测信息数据集生成训练用密文数据集，并使用所述训练用密文数据集进行密码算法识别训练得到分类器；待检测机构服务器AS使用待检测密码系统生成待检测密文数据集并发送至检测机构服务器S；检测机构服务器S提取所述待检测密文数据集中的密文特征数据集并使用所述分类器进行密码算法识别，根据识别结果生成密码系统检测结果并发送给检测机构R。本发明能够在检测机构非物理接触加密设备的前提下，仅通过获得的密文文件完成密码系统的检测工作，保护待检测机构的隐私数据以及核心业务安全。